Приход образован в 1877 году после того, как в 1875 году город Наманган вошел в состав Туркестанского края Российской империи, как один из городов бывшего Кокандского ханства. Через несколько лет в центре города недалеко от военной крепости был построен храм по канонам русской церковной архитектуры (сохранилась только одна его фотография). Храм получил наименование в честь Архангела Божия Михаила как покровителя православного воинства. От храма по направлению к вокзалу было радиально проложено несколько прямых улиц с домами русскоязычного населения. По новым улицам совершались крестные ходы. Хотя процент русскоязычного населения по отношению к местному уже тогда был меньше, чем в других городах Ферганской долины.

После прихода большевиков к власти храм был взорван. Настоятель храма – священник Владимир (фамилия, к сожалению, пока неизвестна), отказавшийся примкнуть к инициированному новыми властями обновленческому расколу, был арестован и вскоре расстрелян.

В 1952 году на окраине города в 20  метрах от действующей железнодорожной линии из сырцовых (саманных) кирпичей было построено нынешнее здание храма, и через некоторое время был зарегистрирован приход с тем же наименованием, что и ранее существовавший приход – в честь Архангела Божия Михаила. Рядом было построено жилое помещение для священнослужителей. Вскоре вокруг территории храма на узких улочках с многочисленными тупиками обустроились местные жители. Эти улицы и перекрыли всякие подъездные пути к храму.

В период 60-90-х годов большинство представителей русскоязычного населения Намангана получило жильё в так называемых микрорайонах, располагающихся в 10-15 км. от старого города. Таким образом, находясь в крайне неудобном районе города Намангана, ныне действующий  храм оказался в изоляции и фактически недоступен для большинства потенциальных прихожан.

В настоящее время ведется работа по переносу храма в более удобное для православных жителей города место – в те самые микрорайоны, где они компактно проживают еще с советских времен.